L'IRSN organise chaque année des « Journées des thèses », au cours desquelles tous ses doctorants, qu’ils soient en première, deuxième ou troisième année de thèse, font une présentation orale (15 à 20 minutes) de l'état d'avancement de leurs travaux,. L’auditoire est composé de leurs homologues et d'un certain nombre d'invités : tuteurs de thèse et responsables hiérarchiques d’une part, directeurs de thèses, universitaires et membres du conseil scientifique d'autre part. En préparation à ces journées, il est demandé à chaque doctorant de rédiger un article correspondant au contenu de sa présentation. L'objectif de ces journées, qui s'inscrit dans la politique de formation par la recherche de l'IRSN, est double : donner aux doctorants l'occasion de présenter leurs travaux au moins trois fois durant la durée de leur thèse, devant un public plus large que celui constitué par leurs encadrants, et favoriser les contacts des doctorants entre eux et avec les autres participants IRSN et hors IRSN. Ces journées des thèses sont également une occasion de resserrer de manière tangible les liens tissés avec les universités, notamment en proposant à certains de leurs représentants d’assurer la présidence d’une session. Ouvertes par le directeur général, conclues par le président du Conseil d'administration, ces journées constituent un moment important de la vie scientifique de l'Institut.